Selon l’acte d’accusation préparé par le Procureur en chef d’Istanbul en ce qui concerne l’affaire Ergenekon : « les plans d’attaque visaient à créer des provocations. Ils comprenaient le Patriarche Bartholomew, le Patriarche arménien Mutafian et l’homme d’affaires juif Ishak Alaton. Quelques autres noms étaient aussi inclus ». Si ces allégations sont vraies, le but de l’organisation était de s’assurer qu’une guerre civile éclate. Le plan du journaliste de Cumhuriyet Ilhan Selçuk, qui était chargé de la fonction d’administrateur civil de l’organisation, était de « laisser les batailles grandir pour que les militaires interviennent » (Zaman, le 4 août 2008).
